真新鎮的赤紅和青綠從大木博士手中取得了神奇寶貝圖鑑，並踏上完成圖鑑的旅程，大木博士分別給了兩人一個神奇寶貝，赤紅選擇小火龍、而青綠選擇傑尼龜。赤紅出發後不久即開始捕捉神奇寶貝，他在一次對戰中敗給青綠之後，意識到如果想完成圖鑑，自己也必須成為強大的神奇寶貝訓練家，因此開始向道館挑戰。